Ngày 1 tháng 11 năm 1933, nhà in Làng Sông chịu thiệt hại nặng nề trong trận bão lụt dữ dội: “Trường Latinh ở Làng Sông, tầng gác bị lún, cho nên hoặc phải tốn công sửa lại cho chắc chắn, có lẽ phải phá đi. Nhà thờ gỗ tuy chống lại được, nhưng tường và mái nhà sạt đổ mất nửa. Các nhà khác đều đổ sụp. Nhà in Qui Nhơn các mái tốc hầu hết, nên hằng mấy tiếng đồng hồ, nước cứ tự do mà chảy vào tràn cả giấy má sách vở, máy móc và các đồ vật, nên thiệt hại lắm”.
Và kể từ ngày 23 tháng 4 năm 1935, “công việc dọn về nhà mới đã tạm yên, nhà in Qui Nhơn bỏ hẳn chỗ cũ ở Lòng Sông, mà làm việc tại sở mới, ở chính trong châu thành Qui Nhơn. Nhà cửa cao lớn chắc chắn, ngăn nắp thứ tự”.
Năm 1946, trong thời gian tiêu thổ kháng chiến thời Việt Minh, Qui Nhơn được lệnh di tản, cha bề trên Huy lên ở Dòng Thánh Giuse Kim Châu, giao máy in cho các thầy quản lý. Sau này, cha Antôn Nguyễn Anh Thuận đưa máy in về Vĩnh Minh (Nam Bình): “khi cha Thuận được bổ nhiệm về làm cha sở Kim Châu, cha bề trên Huy đang cư trú tại nhà Dòng Thánh Giuse Kim Châu giao máy cho các thầy quản lý và tùy nghi sử dụng, để tổ chức lại việc in ấn, vừa giúp Giáo phận vừa giúp nhà dòng. Sau này nhà dòng chỉ định thầy Paul Định tổ chức nhà in tại Trường Thuế, Nam Bình, cho đến khi cùng với dân chúng di tản vì sợ Pháp đổ bộ”.
Có thể nói kể từ thời gian này trở đi, danh xưng “Imprimerie de Quinhon” không còn tồn tại nữa vì không thuộc quyền quản lý của bản quyền Địa phận. Ở ngoài “truyền thống” in ấn của địa phận, những gì còn lại của nhà in Qui Nhơn chỉ là khung máy bằng sắt thép, những con chữ bằng chì, hay đơn giản hơn chỉ là những “công cụ sản xuất”. Từ thời gian này, máy móc và dụng cụ trước đây của “Imprimerie de Quinhơn” được “trưng dụng”, một mỹ từ có nội hàm nhất định, được chuyển đến Đại An (Phù Cát), Ân Thường (Hoài Ân), Kim Châu, và cuối cùng là Nha Trang …
Cùng với Nhà in Tân Định ở Nam kỳ, nhà in Kẻ Sở ở Bắc kỳ, nhà in Làng Sông - Quinhon đã góp phần phát triển, phổ biến chữ Quốc ngữ và hình thành một nền báo chí phong phú, sôi động vào đầu thế XX. “Như vậy, sự thành lập và hoạt động của các nhà in nói trên của các giáo sĩ đạo Thiên Chúa đã để lại một số ấn phẩm có giá trị, đáng kể nhất là hai cuốn tự điển của Taberd và Génibrel. Đây là những tư liệu quý hiếm đánh dấu giai đoạn phát triển của chữ Quốc ngữ, là sự gợi mở cho việc biên soạn các cuốn tự điển khác về sau này, góp phần hoàn chỉnh thêm chữ Quốc ngữ. Thông qua những ấn phẩm in bằng chữ Quốc ngữ của các nhà in này, chúng ta có thể dựng lại các giai đoạn phát triển lịch sử của chữ Quốc ngữ về cấu trúc từ ngữ, cú pháp, âm, vần... Rõ ràng có thể thấy mặc dù các xưởng in đó lúc đầu chỉ phục vụ cho giáo hội, nhưng điều quan trọng là sự du nhập kỹ thuật in tiên tiến của phương Tây vào Việt Nam đã là tiền đề vật chất quan trọng cho sự phát triển của văn hoá bản địa sau này, mà trước hết là sự phát triển của báo chí - một lĩnh vực của văn hoá được du nhập từ phương Tây vào nước ta.”